L'omicidio improvviso di una madre di famiglia è uno spunto inaspettato per spingere Bones a rivalutare il suo rapporto con il padre e le intenzioni di lui nei suoi confronti. Booth, seguendo le indagini, scopre che l'omicidio è l'ultimo strascico di un caso aperto ben 3 anni prima e di cui si era occupato il suo mentore.